Les priorités du Programme ont été établies à partir d'une analyse des atouts, faiblesses, opportunités et menaces relatifs à ce territoire. Ainsi, cinq priorités ont été identifiées par les Etats membres et régions participant au Programme :
PRIORITE A : Structuration polycentrique de l'espace et developpment de poles de cometpence.
PRIORITE B : Developpment de systemes de transport assurant une mobilite durable et amelioration de l'acces a la societe de l'information.
PRIORITE C : Promotion de l'environnement, gestion durable des activites economiques et des ressoruces natruelles.
PRIORITE D : Renforcement et promotion de l'identité atlantique dans la globalisation.
PRIORITE E : Assistance technique.
Atlanwood é a le priorité A, mesure A-2.