Las prioridades del Programa se han establecido a partir de un análisis de las fortalezas, debilidades, oportunidades y amenazas relativas a este territorio. De este modo, cinco prioridades han sido identificadas por los Estados Miembros y regiones participantes en el Programa :
PRIORIDAD A: Estructuración Policéntrica del Espacio y Desarrollo de Polos de Competencia.
PRIORIDAD B: Desarrollo de Sistemas de Transporte Asegurando una Movilidad Sostenible y Mejora del Acceso a la Sociedad de la Información.
PRIORIDAD C: Promoción del Medio Ambiente, Gestion Sostenible de las Actividades Económicas y de los Recursos Naturales.
PRIORIDAD D: Refuerzo y Promoción de la Identidad Atlántica en la Globalización.
PRIORIDAD E : Asistencia Técnica.
La Prioridad A se ha articulado en 2 medidas, encuadrándose el proyecto Atlanwood en la medida A-2.